A inicios de 1823, se determinó la creación de un cementerio municipal, aun sin tener claro el sitio de su ubicación, mismo que sería definido más adelante.
En 1862, concluyeron las obras, y se inauguró el que sería considerado por el historiador Pedro Fermín Cevallos, como un “buen cementerio”.
En la actualidad, la parte antigua del cementerio, constituye una zona de gran valor, que manifiesta vívidamente la cultura cuencana, expresada en su riqueza histórica, arquitectónica, artística, espiritual y paisajística.
El Cementerio obtuvo la distinción de “Patrimonio del Ecuador” el 23 de septiembre de 2002, con una estructura física y espacial, acorde con los lineamientos urbanísticos de fines del siglo XIX e inicios del siglo XX.